Colonisé par les Grecs qui y installent des comptoirs, le Languedoc devient sous les Romains la grande "Province" de la Gaule. La Narbonnaise se peuple de "villas", et l'une d'entre elles était implantée sur le futur site de Saint-Jean de Bébian, comme l'attestent les poteries romaines, monnaies et plaques d’urnes funéraires découvertes dans notre cour.
Les moines, arrivés à Bébian au XIe, ont laissé beaucoup de traces : une des plus vieilles chapelles romanes du Languedoc (1150), une tour elle aussi du XIIe abritant le cuvier, et un corps de bâtiment qui voit se côtoyer l'architecture du XVe, du XVIe et du XVIIe. Dès 1152, un texte établit que les moines du Prieuré de Saint-Jean de Bébian achètent des vignes aux alentours, et commencent ainsi à constituer le domaine.
Après le départ des moines et la Révolution, Saint-Jean de Bébian fut vendu comme Bien National. Jusqu'à la Seconde Guerre Mondiale, trois propriétaires seulement s'y succédèrent, tous vignerons.
En 1975, Alain Roux reprend en mains le domaine familial et entreprend des modifications fondamentales. Il plante des cépages nobles : syrah, grenache, mourvèdre. Il garde soigneusement les vieux plants méditerranéens (cinsault, carignan). Et y adjoint les autres cépages traditionnels de Châteauneuf du Pape : roussane, marsanne, clairette, counoise, bourboulenc, grenache gris...
Le Prieuré de St Jean de Bébian a été racheté en 1994 par Chantal Lecouty et Jean Claude Le Brun, anciens dirigeants de la Revue du Vin de France, qui entendent continuer l’œuvre d'Alain Roux : produire des vins méditerranéens de la plus haute qualité.
